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O artigo descreve a expansão do Banco de Dados AlphaFold para incluir 1,8 milhão de estruturas de complexos proteicos de alta confiança em escala proteômica, fornecendo um recurso fundamental para a descoberta de funções biológicas e mecanismos de interação molecular.
Este artigo descreve um método prático e compatível com laboratórios de biologia para a síntese in-house de surfactantes fluorados à base de perfluoropoliéter (PFPE) via acoplamento carbodiimida, permitindo a produção de materiais funcionais para diversas aplicações em microfluídica de gotículas sem depender de reagentes comerciais ou caracterizações estruturais completas.
Os autores aprimoraram o método de array de tRNA (versão 2) ao identificar e modificar grupos limitantes e introduzir uma sequência líder, permitindo a síntese simultânea in vitro de 21 tRNAs com atividade translacional comparável à de tRNAs preparados individualmente, o que viabiliza a construção de sistemas de expressão gênica autorreprodutíveis.
Os pesquisadores desenvolveram um sistema de protocélulas em vesículas lipídicas onde o controle óptico da polimerização da actina, envolvendo redes ramificadas e lineares, impulsiona a formação de extensões membranares e o movimento direcionado, oferecendo uma plataforma fundamental para o estudo da migração celular e o avanço da bioengenharia.
Este estudo revela que a atenuação transitória da contratilidade celular reprograma as células epiteliais para um estado de migração impulsionado por protrusões, mediado por uma reconfiguração da sinalização ERK e alterações mecânicas, o que promove a fluidização do tecido.
Este estudo demonstra que a engenharia de fibras curli produzidas por *E. coli* Nissle 1917, especificamente através da fusão com o antagonista de TLR2 SSL3, permite transformar essas fibras amiloides naturalmente inflamatórias em uma plataforma programável capaz de modular eficazmente as respostas imunes inatas e suprimir a inflamação em células humanas.
Este trabalho estabelece uma estratégia de aprendizado ativo combinada com manipulação líquida automatizada para otimizar a composição do sistema PURE, identificando composições que aumentam significativamente o rendimento de proteínas e revelando que os fatores de otimização são dependentes da concentração de DNA e específicos para cada gene.
Este estudo demonstra que a estratégia de controle metabólico dinâmico em duas etapas, combinando válvulas competitivas e regulatórias para otimizar o fluxo de NADPH e a expressão de vias, permitiu que uma cepa de *E. coli* engenheirada produzisse 140 g/L de etilenoglicol a partir de xilose em biorreatores, alcançando 92% do rendimento teórico.
Os autores desenvolveram uma nova abordagem de RNA guia condicional (intcgRNA) ativada por introns endógenos que permite a edição gênica precisa apenas em células que expressam o gene-alvo, minimizando assim os efeitos off-target em terapias in vivo.
O artigo apresenta o CombinGym, uma plataforma de benchmarking que preenche uma lacuna crítica na engenharia de proteínas ao fornecer 14 conjuntos de dados de mutagênese combinatória e avaliar nove algoritmos de aprendizado de máquina, demonstrando que dados de mutações de baixa ordem podem melhorar significativamente a previsão de variantes de alta ordem, com validação bem-sucedida tanto em simulações quanto em experimentos laboratoriais.
Este estudo apresenta a engenharia sistemática de promotores bacterianos combinatórios em *Escherichia coli* que funcionam como interruptores lógicos AND precisos para duas entradas químicas, estabelecendo regras de design práticas baseadas na supressão de estados parcialmente induzidos e na gestão de dependências de contexto genético local.
Este estudo demonstra que a expressão de transportadores heterólogos em *Lacticaseibacillus rhamnosus* GG supera as limitações de transporte de substrato, aumentando significativamente a atividade da fenilalanina amônia-liase (AvPAL*) para o tratamento da fenilcetonúria, enquanto o tratamento com surfactantes químicos não obteve melhorias.
O artigo apresenta o "Cepeda Framework", uma arquitetura de pesquisa pré-clínica modular e focada na segurança, desenvolvida através de 21.000 ciclos de simulação computacional, que visa testar hipóteses de rejuvenescimento parcial coordenado abordando os 12 marcos do envelhecimento de López-Otín (2023) por meio de uma combinação de reprogramação epigenética com fatores de transcrição em proporção 3:2:1, múltiplos mecanismos de segurança e protocolos complementares, antes de qualquer validação experimental em seres vivos.
Este trabalho caracteriza sete promotores induzíveis quimicamente em *Zymomonas mobilis*, incluindo quatro caracterizados pela primeira vez nesta espécie, demonstrando que o par VanRAM-PvanCC e CinRAM-Pcin são particularmente promissores para aplicações de engenharia metabólica utilizando o sistema de clonagem Zymo-Parts.
Os autores demonstram que bactérias *E. coli* geneticamente modificadas podem implementar uma regra de aprendizado local em um substrato físico, permitindo o treinamento de redes neurais biológicas e a adaptação supervisionada em arquiteturas multicelulares complexas.
Este estudo de múltiplos laboratórios demonstra que as conchas de microcompartimentos bacterianos, utilizando o sistema SpyCatcher-SpyTag, constituem uma plataforma modular, escalável e robusta para a encapsulação, estabilização e funcionamento cooperativo de diversas enzimas, viabilizando a engenharia de vias metabólicas complexas.
Este estudo apresenta uma plataforma integrada em *Cupriavidus necator* que otimiza a biomanufatura de nanopartículas de PHA funcionalizadas, combinando engenharia genética de sintases, co-culturas sustentáveis e tecnologia de fusão SpyTag-SpyCatcher para criar materiais biobasés personalizáveis com aplicações em biossensores, entrega de fármacos e biorremediação.
Este estudo demonstra que a eficiência da edição CRISPR-Cas9 é fortemente dependente do contexto biológico, variando entre espécies e tipos celulares, o que impede a existência de um modelo universal, embora as tendências nos resultados de reparo permaneçam conservadas.
Os autores retiraram o manuscrito sobre o desenvolvimento de novos peptídeos antimicrobianos a partir da microcina B17 de *Escherichia coli* devido à impossibilidade de confirmar a bioatividade dos peptídeos isolados, que provavelmente estavam contaminados por antibióticos utilizados no processo de purificação.
Este artigo apresenta um kit de vetores padronizado e validado experimentalmente que otimiza a metodologia mSwAP-In, facilitando a escrita de genoma em larga escala e a integração de grandes cargas de DNA em células-tronco de mamíferos.